专项治理行动重点包括：严厉查处生产经营假冒伪劣种子、无证生产经营、套牌、未审先推、包装标签不规范等违法行为；严厉打击非法生产、经营和使用禁限用农药行为，推行限制使用农药定点经营和高毒农药实名购买制度，重点查处生产经营添加违禁药物、高毒农药及未登记成分、有效成分不足、无证生产、一证多用、套用或冒用证件、改变剂型、扩大防治对象及使用范围等违法行为；严厉查处复混肥料、有机肥料、有机无机复混肥、水溶肥料、微生物肥等产品中有效成分不足、未经登记、一证多用、假冒伪造登记证、肥料产品标称具有农药功能、标签标识不规范的行为；严厉打击违法制售假劣兽药和违禁药物、改变产品组方滥加抗菌药物、中兽药添加化学药物、兽药标签和说明书扩大适应症和使用范围等违法行为；严厉查处生产经营假劣饲料和饲料添加剂、在养殖环节添加“瘦肉精”等违禁药物和未批准使用物质等违法行为；建立农业转基因追溯体系，狠抓研究试验、育制种基地监管，坚决打击非法种植行为。
整治的重点领域为热点区域、农村和城乡接合部、菜篮子产品和中药材主产区、互联网领域。对近年来在省部级抽查中暴露出问题较多、新闻媒体曝光较多、投诉举报较多的部分地区以及涉黑线索摸排发现的乱点地区开展重点整治；重点打击农资批发场所、展销会销售农资、乡村门店、流动商贩以及农资销售“忽悠团”等违法行为；依法查处使用有毒有害、禁限用农药以及添加隐性成分农药等违法行为；重点打击电商平台、电商企业经营高毒、禁限用农兽药、互联网领域无证经营、虚假宣传农资等违法违规行为。对检查发现的违法违规行为，发现一起，查办一起；对危害性高、社会影响大、涉案金额大的制假售假、侵权、非法添加的案件，有关部门挂牌督办、集中办案、联合查案。对涉嫌犯罪的，及时移送公安机关，依法追究其刑事责任。
