一、概念不同。
有机食品通常来自于生态良好的有机农业生产体系，根据国际有机农业生产要求和相应的标准生产加工的。
绿色食品是指按特定生产方式生产，并经国家有关的专门机构认定，允许使用绿色食品标志的无污染、无公害、安全、优质、营养型的食品。
从概念上看，有机食品和绿色食品均属于无污染、可安全食用的食品，但有机食品更加强调食品的天然性，提倡用自然、生态平衡的方法从事生产的食品。绿色食品则强调食品没有污染，无公害可放心食用。
二、标准不同。
不同的国家、不同的认证机构，其标准也不相同。
我国的有机食品标准是由国家环境保护总局有机食品发展中心制定的认证标准，该标准较好地规范和管理了包括有机认证机构及有机生产、加工和贸易者在内的中国有机食品行业，使之健康有序地向前发展。
我国的绿色食品标准是由中国绿色食品中心组织指定的统一标准，该标准以“从土地到餐桌”全程质量控制理念为核心，由以下四个部分构成：(1) 绿色食品产地环境标准；(2) 绿色食品生产技术标准；(3) 绿色食品产品标准；(4) 绿色食品包装、贮藏运输标准。
三、标志不同。
有机食品标志在不同国家和不同认证机构是不同的。2001年国际有机农业运动联合会(IFOAM)的成员拥有有机食品标志380多个，我国国家环境保护总局有机食品发展中心在国家工商局注册了有机食品标志。
绿色食品标志在我国是由中国绿色食品发展中心制定，并在国家工商局注册的质量认证商标，是统一也是唯一的，属知识产权范畴，受《中华人民共和国商标法》保护。中国绿色食品的标志由三部分构成：上方的太阳、下方的叶片和中间的蓓蕾，象征自然生态。标志图形为正圆形，意为保护、安全。颜色为绿色，象征着生命、农业、环保。
四、认证机构不同。
我国有机食品的认证由国家认监委批准、认可的认证机构进行。有机食品标志认证一次有效许可期限为一年，一年期满后可申请“保持认证”，通过检查、审核合格后方可继续使用有机食品标志。
我国绿色食品的认证机构仅有中国绿色食品发展中心一家，该中心负责全国绿色食品的统一认证和最终审批。
虽然有机食品和绿色食品有不同的概念、标准和认证机构，但安全是它们的共性，它们从种植、收获、加工生产、贮存及运输过程中都采用了无污染的工艺技术，保证了食品的安全性。
